明治15年(1882)には、大津から琵琶湖連絡を介しての対岸、長浜から金ヶ崎（現敦賀港）までの路線のうち柳ヶ瀬隧道（明治17年開通）を除く区間が開業、続いて、明治16年（1883)には長浜−関ヶ原間、明治17年(1884)には大垣まで開業して、揖斐川、日本海（敦賀）、琵琶湖、太平洋（神戸）を結ぶ鉄道連絡網が完成している。
東海道線は 明治２２年４月１６日、静岡＝浜松間の開通により、琵琶湖水運を大湖汽船会社を介しての連絡ではあったが、新橋＝長浜＝大津＝神戸間が全通した。同年７月１日には、米原経由の湖東線の開通により、長浜は東海道線のルートからは外れ、大湖汽船での連絡は終了した。
長浜−深谷間は、貨物線となり明治29（1899）年までは貨物のみ運転されていた。明治３２（1901）年、柏原経由の現在線が開通し、深谷廻りの線路は廃止された。
